Genexpressions-Omnibus –
FunGene: die funktionale Genpipeline und das Repository.
Ribosomale RNA-Gene sind aus guten Gründen zu den molekularen Standardmarkern für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften geworden, darunter das universelle Vorkommen in zellulären Organismen, die Verfügbarkeit großer Datenbanken und die einfache Amplifikation und Analyse der rRNA-Genregion. Als Marker haben rRNA-Gene jedoch einige signifikante Einschränkungen. Die rRNA-Gene sind im Gegensatz zu den meisten proteinkodierenden Genen oft in mehreren Kopien vorhanden.
Die langsame Änderungsrate der rRNA-Gene bedeutet, dass mehrere Arten manchmal identische 16S-rRNA-Gensequenzen aufweisen, während viel mehr Arten identische Sequenzen in den üblicherweise analysierten kurzen 16S-rRNA-Regionen aufweisen.
Darüber hinaus sind die an vielen wichtigen Prozessen beteiligten Gene nicht phylogenetisch kohärent verteilt, möglicherweise aufgrund von Genverlust oder horizontalem Gentransfer. Während rRNA-Gene die am häufigsten verwendeten Marker bleiben, können Schlüsselgene in ökologisch wichtigen Signalwegen, z. B. diejenigen, die am Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf beteiligt sind, wichtige Einblicke in die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften liefern, die durch rRNA-Analyse nicht erhältlich sind.
Die Arbeit mit ökofunktionellen Gendaten erfordert jedoch einige Werkzeuge, die über die für die rRNA-Analyse erforderlichen hinausgehen. Um dies anzugehen, bietet unsere Functional Gene Pipeline and Repository (FunGene; http://fungene.cme.msu.edu/) Datenbanken mit vielen gängigen ökofunktionalen Genen und Proteinen sowie integrierte Tools, mit denen Forscher diese Sammlungen durchsuchen und auswählen können Untergruppen für weitere Analysen erstellen, phylogenetische Bäume erstellen, Primer und Sonden auf Abdeckung testen und ausgerichtete Sequenzen herunterladen.
Weitere FunGene-Tools sind darauf spezialisiert, kodierende Gen-Amplikon-Daten zu verarbeiten.
Beispielsweise erzeugt FrameBot Frameshift-korrigierte Protein- und DNA-Sequenzen aus Raw-Reads und findet gleichzeitig die am engsten verwandte Protein-Referenzsequenz. Diese Tools können dazu beitragen, einen besseren Einblick in mikrobielle Gemeinschaften zu gewähren, indem Schlüsselgene, die an wichtigen ökologischen Prozessen beteiligt sind, direkt untersucht werden.
Einführung
Mikroben sind ein wichtiger Bestandteil der Biosphäre der Erde. Sie beeinflussen die Ökosysteme der Erde durch eine Vielzahl von Aktivitäten und bilden eine wichtige Kraft bei der Gestaltung sowohl abiotischer als auch biotischer Umgebungen. Die Untersuchung der Prävalenz und Diversität der an diesen wichtigen ökologischen Prozessen beteiligten Gene – ökofunktionelle Gene – kann uns helfen, die Beziehungen zwischen mikrobiellen Populationen und ihrer Umgebung zu definieren.
Die Amplikon-basierte Analyse von 16S-rRNA-Genfragmenten hat sich als sehr nützlich erwiesen, um ein Gesamtbild der taxonomischen Vielfalt zu liefern, und wurde in einer Vielzahl von Umgebungen verwendet (siehe z. B. Gilbert und Meyer, 2012). Ein Großteil des mikrobiellen Geninhalts, einschließlich der Wege für wichtige Umweltaktivitäten, war jedoch Gegenstand mehrerer horizontaler Gentransfers (siehe z. B. Dagan et al., 2008). Die direkte Abfrage spezifischer funktioneller Gene in Umweltproben durch qPCR- und Amplikon-Erhebungen kann Informationen über die Prävalenz und Diversität wichtiger funktioneller Gene liefern, unabhängig von der Diskontinuität zwischen Organismus und Gen-Phylogenie.
Im Gegensatz dazu können diejenigen Kernprotein-kodierenden Gene, die weniger Gegenstand eines horizontalen Transfers sind und deren Gen-Phylogenie mit der Organismen-Taxonomie kongruent ist, als wichtige phylogenetische Marker dienen.
Diese sind oft in der Lage, feinere Unterschiede aufzulösen als die üblicherweise verwendeten rRNA-Genmarker. Unser Konzept einer mikrobiellen Spezies befindet sich noch in der Entwicklung und ist Gegenstand von Diskussionen, aber die am häufigsten akzeptierte Ad-hoc-Grenze einer mikrobiellen Spezies war eine 70%ige DNA-DNA-Reassoziation (Stackebrandt et al., 2002).
Random Hexamers 100 µg |
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26-4000-03 | Gene Link | 100 ug | 150 EUR |
AGS8830-8 PCR instrument |
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AGS8830 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
RNA/DNA Purification Kit (Magnetic Bead) |
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DA0623 | Daan Gene | 32 test/kit | Ask for price |
Specimen Preservation Reagent |
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DA0970 | Daan Gene | 100 test/kit | Ask for price |
PCR detection kit for Monkeypox Virus |
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DA1430 | Daan Gene | 24 test/kit | 129.6 EUR |
Nucleic Acid Instrument |
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Smart-32 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
Nucleic Acid Instrument |
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Swift-96 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030001 | Biochain | 200 assays | 329 EUR |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030002 | Biochain | 500 assays | 636 EUR |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030003 | Biochain | 1,000 assays | 1118 EUR |
SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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SLLU-01K | BioAssay Systems | 1000 | 459 EUR |
SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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SLLU-200 | BioAssay Systems | 200 | 169 EUR |
SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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SLLU-500 | BioAssay Systems | 500 | 299 EUR |
SuperLight™ Dual Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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SLDL-100 | BioAssay Systems | 100 | 189 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12518 | AAT Bioquest | 1 plate | 166 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12519 | AAT Bioquest | 10 plates | 446 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12520 | AAT Bioquest | 100 plates | 3321 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12518-1plate | AAT Bioquest | 1 plate | 166 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12519-10plates | AAT Bioquest | 10 plates | 446 EUR |
Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12520-100plates | AAT Bioquest | 100 plates | 3321 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12530 | AAT Bioquest | 1 plate | 222 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12531 | AAT Bioquest | 10 Plates | 846 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12532 | AAT Bioquest | 100 plates | 4447 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12535 | AAT Bioquest | 1 plate | 222 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12536 | AAT Bioquest | 10 plates | 1070 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12537 | AAT Bioquest | 100 plates | 4447 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12530-1plate | AAT Bioquest | 1 plate | 222 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12531-10Plates | AAT Bioquest | 10 Plates | 846 EUR |
Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12532-100plates | AAT Bioquest | 100 plates | 4447 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12535-1plate | AAT Bioquest | 1 plate | 222 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12536-10plates | AAT Bioquest | 10 plates | 1070 EUR |
Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow* |
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12537-100plates | AAT Bioquest | 100 plates | 4447 EUR |
TRK Fused Gene (TRK fused gene) Antibody |
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abx239001-100ug | Abbexa | 100 ug | 610.8 EUR |
T4 Gene 32 Protein |
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M1232-100 | Biovision | each | 280.8 EUR |
Gene Snipper? Cas9 NLS |
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M1095-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 NLS |
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M1095-50 | Biovision | each | 301.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null |
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M1100-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null |
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M1100-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
TRK fused gene Antibody |
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49164-100ul | SAB | 100ul | 399.6 EUR |
TRK fused gene Antibody |
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49164-50ul | SAB | 50ul | 286.8 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 NLS |
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M1281-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 NLS |
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M1281-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null |
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M1282-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null |
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M1282-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Tumor Susceptibility Gene 101 Protein |
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20-abx262882 | Abbexa |
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Trk-Fused Gene Antibody |
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20-abx116293 | Abbexa |
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Gene Snipper? Cas9 Protein |
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M1094-250 | Biovision | each | 555.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Protein |
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M1094-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
AI M1 gene PCR kit |
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PCR-V603-48R | Bioingentech | 50T | 987.6 EUR |
AI M1 gene PCR kit |
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PCR-V603-96R | Bioingentech | 100T | 1335.6 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Protein |
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M1280-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Protein |
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M1280-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Calcitonin Gene Related Peptide |
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20-abx265660 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide |
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20-abx265706 | Abbexa |
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Gene Snipper? Cas9 GFP NLS |
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M1284-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
VZV (early gene 62) antibody |
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10-V20C | Fitzgerald | 100 ug | 531.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS |
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M1097-250 | Biovision | each | 555.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS |
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M1097-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null NLS |
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M1103-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null NLS |
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M1103-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS |
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M1099-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS |
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M1099-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
AI M1 gene RT PCR kit |
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RTq-V603-100R | Bioingentech | 100T | 1573.2 EUR |
AI M1 gene RT PCR kit |
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RTq-V603-150R | Bioingentech | 150T | 2144.4 EUR |
AI M1 gene RT PCR kit |
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RTq-V603-50R | Bioingentech | 50T | 1155.6 EUR |
anti- TRK fused gene antibody |
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FNab09001 | FN Test | 100µg | 658.5 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null NLS |
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M1283-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null NLS |
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M1283-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Estrogen-induced gene 121 protein Antibody |
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DF14356 | Affbiotech | 100ul | 420 EUR |
Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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abx239040-100ug | Abbexa | 100 ug | 610.8 EUR |
Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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20-abx219155 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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20-abx174992 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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20-abx178777 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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20-abx116380 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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abx037516-100ug | Abbexa | 100 ug | 469.2 EUR |
Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
|||
20-abx126743 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
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20-abx330094 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody |
|||
20-abx001823 | Abbexa |
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Anti-TRK Fused gene Antibody |
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A02870 | BosterBio | 100 ug | 476.4 EUR |
Anti-TRK fused gene antibody |
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PAab09001 | Lifescience Market | 100 ug | 463.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A) |
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M1096-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A) |
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M1096-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
QuantiSir General Gene Knockdown Quantification Kit |
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P-5001 | EpiGentek |
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Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06748 | CHI Scientific | 2µg | Ask for price |
Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06749 | CHI Scientific | $90/10µg | Ask for price |
Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06750 | CHI Scientific | $3,640/1mg | Ask for price |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A) |
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M1098-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A) |
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M1098-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody |
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20-abx302434 | Abbexa |
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Rat B7-H3 gene ELISA kit |
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E02B0004-192T | BlueGene | 192 tests | 1524 EUR |
Rat B7-H3 gene ELISA kit |
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E02B0004-48 | BlueGene | 1 plate of 48 wells | 624 EUR |
Rat B7-H3 gene ELISA kit |
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E02B0004-96 | BlueGene | 1 plate of 96 wells | 822 EUR |
Pig B7-H3 gene ELISA kit |
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E07B0004-192T | BlueGene | 192 tests | 1524 EUR |
Pig B7-H3 gene ELISA kit |
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E07B0004-48 | BlueGene | 1 plate of 48 wells | 624 EUR |
Pig B7-H3 gene ELISA kit |
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E07B0004-96 | BlueGene | 1 plate of 96 wells | 822 EUR |
Dog B7-H3 gene ELISA kit |
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E08B0004-192T | BlueGene | 192 tests | 1524 EUR |
Dog B7-H3 gene ELISA kit |
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E08B0004-48 | BlueGene | 1 plate of 48 wells | 624 EUR |
Dog B7-H3 gene ELISA kit |
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E08B0004-96 | BlueGene | 1 plate of 96 wells | 822 EUR |
Calcitonin Gene Related Peptide II |
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20-abx265668 | Abbexa |
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TRK fused gene Conjugated Antibody |
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C49164 | SAB | 100ul | 476.4 EUR |
Stackebrandt und Ebers fanden heraus, dass Stämme derselben Art fast immer mehr als 99 % der 16S-rRNA-Genidentität in voller Länge gemeinsam haben, während verschiedene Arten identische 16S-Gensequenzen teilen können (Stackebrandt und Ebers, 2006). ). Die kurzen 16S-Genfragmente, die üblicherweise in der Umwelt-Amplikon-Analyse verwendet werden, haben ein noch geringeres Auflösungsvermögen. Im Gegensatz dazu beträgt der Cutoff des entsprechenden gesamten Orthologs der durchschnittlichen Aminosäureidentität (AAI; siehe Liste der Abkürzungen, Tabelle 1) für eine Art etwa 5 % Unterschied (Konstantinidis und Tiedje, 2005).