• Mai 16, 2022

Genexpressions-Omnibus –

FunGene: die funktionale Genpipeline und das Repository.

Ribosomale RNA-Gene sind aus guten Gründen zu den molekularen Standardmarkern für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften geworden, darunter das universelle Vorkommen in zellulären Organismen, die Verfügbarkeit großer Datenbanken und die einfache Amplifikation und Analyse der rRNA-Genregion. Als Marker haben rRNA-Gene jedoch einige signifikante Einschränkungen. Die rRNA-Gene sind im Gegensatz zu den meisten proteinkodierenden Genen oft in mehreren Kopien vorhanden.

Die langsame Änderungsrate der rRNA-Gene bedeutet, dass mehrere Arten manchmal identische 16S-rRNA-Gensequenzen aufweisen, während viel mehr Arten identische Sequenzen in den üblicherweise analysierten kurzen 16S-rRNA-Regionen aufweisen.

Darüber hinaus sind die an vielen wichtigen Prozessen beteiligten Gene nicht phylogenetisch kohärent verteilt, möglicherweise aufgrund von Genverlust oder horizontalem Gentransfer. Während rRNA-Gene die am häufigsten verwendeten Marker bleiben, können Schlüsselgene in ökologisch wichtigen Signalwegen, z. B. diejenigen, die am Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf beteiligt sind, wichtige Einblicke in die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften liefern, die durch rRNA-Analyse nicht erhältlich sind.

Die Arbeit mit ökofunktionellen Gendaten erfordert jedoch einige Werkzeuge, die über die für die rRNA-Analyse erforderlichen hinausgehen. Um dies anzugehen, bietet unsere Functional Gene Pipeline and Repository (FunGene; http://fungene.cme.msu.edu/) Datenbanken mit vielen gängigen ökofunktionalen Genen und Proteinen sowie integrierte Tools, mit denen Forscher diese Sammlungen durchsuchen und auswählen können Untergruppen für weitere Analysen erstellen, phylogenetische Bäume erstellen, Primer und Sonden auf Abdeckung testen und ausgerichtete Sequenzen herunterladen.

Weitere FunGene-Tools sind darauf spezialisiert, kodierende Gen-Amplikon-Daten zu verarbeiten.

Beispielsweise erzeugt FrameBot Frameshift-korrigierte Protein- und DNA-Sequenzen aus Raw-Reads und findet gleichzeitig die am engsten verwandte Protein-Referenzsequenz. Diese Tools können dazu beitragen, einen besseren Einblick in mikrobielle Gemeinschaften zu gewähren, indem Schlüsselgene, die an wichtigen ökologischen Prozessen beteiligt sind, direkt untersucht werden.

Einführung
Mikroben sind ein wichtiger Bestandteil der Biosphäre der Erde. Sie beeinflussen die Ökosysteme der Erde durch eine Vielzahl von Aktivitäten und bilden eine wichtige Kraft bei der Gestaltung sowohl abiotischer als auch biotischer Umgebungen. Die Untersuchung der Prävalenz und Diversität der an diesen wichtigen ökologischen Prozessen beteiligten Gene – ökofunktionelle Gene – kann uns helfen, die Beziehungen zwischen mikrobiellen Populationen und ihrer Umgebung zu definieren.

Die Amplikon-basierte Analyse von 16S-rRNA-Genfragmenten hat sich als sehr nützlich erwiesen, um ein Gesamtbild der taxonomischen Vielfalt zu liefern, und wurde in einer Vielzahl von Umgebungen verwendet (siehe z. B. Gilbert und Meyer, 2012). Ein Großteil des mikrobiellen Geninhalts, einschließlich der Wege für wichtige Umweltaktivitäten, war jedoch Gegenstand mehrerer horizontaler Gentransfers (siehe z. B. Dagan et al., 2008). Die direkte Abfrage spezifischer funktioneller Gene in Umweltproben durch qPCR- und Amplikon-Erhebungen kann Informationen über die Prävalenz und Diversität wichtiger funktioneller Gene liefern, unabhängig von der Diskontinuität zwischen Organismus und Gen-Phylogenie.

Im Gegensatz dazu können diejenigen Kernprotein-kodierenden Gene, die weniger Gegenstand eines horizontalen Transfers sind und deren Gen-Phylogenie mit der Organismen-Taxonomie kongruent ist, als wichtige phylogenetische Marker dienen.

Diese sind oft in der Lage, feinere Unterschiede aufzulösen als die üblicherweise verwendeten rRNA-Genmarker. Unser Konzept einer mikrobiellen Spezies befindet sich noch in der Entwicklung und ist Gegenstand von Diskussionen, aber die am häufigsten akzeptierte Ad-hoc-Grenze einer mikrobiellen Spezies war eine 70%ige DNA-DNA-Reassoziation (Stackebrandt et al., 2002).

 

Random Hexamers 100 µg

26-4000-03 Gene Link 100 ug 150 EUR

RNA/DNA Purification Kit (Magnetic Bead)

DA0623 Daan Gene 32 test/kit Ask for price

Specimen Preservation Reagent

DA0970 Daan Gene 100 test/kit Ask for price

PCR detection kit for Monkeypox Virus

DA1430 Daan Gene 24 test/kit 129.6 EUR

AGS8830-8 PCR instrument

AGS8830 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

Nucleic Acid Instrument

Smart-32 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

Nucleic Acid Instrument

Swift-96 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

Globalmark tapes - B-581 100 mm Repositionable White AF Systems Consumables

076697 BRADY NV Box of 1 Roll 458.91 EUR

Globalmark tapes - B-581 100 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables

076701 BRADY NV Box of 1 Roll 458.91 EUR

Globalmark tapes - B-581 57 mm Repositionable White AF Systems Consumables

076698 BRADY NV Box of 1 Roll 305.46 EUR

Globalmark tapes - B-581 29 mm Repositionable White AF Systems Consumables

076699 BRADY NV Box of 1 Roll 203.11 EUR

Globalmark tapes - B-581 13 mm Repositionable White AF Systems Consumables

076700 BRADY NV Box of 1 Roll 130.24 EUR

Globalmark tapes - B-581 57 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables

076702 BRADY NV Box of 1 Roll 305.46 EUR

Globalmark tapes - B-581 29 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables

076703 BRADY NV Box of 1 Roll 203.11 EUR

Globalmark tapes - B-581 13 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables

076704 BRADY NV Box of 1 Roll 130.24 EUR

SuperLight Luciferase Repo0er Gene Assay Kit

SLLU-01K BioAssay Systems 1000 469 EUR

SuperLight Luciferase Repo0er Gene Assay Kit

SLLU-200 BioAssay Systems 200 179 EUR

SuperLight Luciferase Repo0er Gene Assay Kit

SLLU-500 BioAssay Systems 500 309 EUR

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030001 Biochain 200 assays 329 EUR

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030002 Biochain 500 assays 636 EUR

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030003 Biochain 1,000 assays 1118 EUR

SuperLight Dual Luciferase Repo0er Gene Assay Kit

SLDL-100 BioAssay Systems 100 199 EUR

Dual Luciferase Reporter Gene Assay Kit

KTA8010-1000T Abbkine 1000 T 819 EUR

Dual Luciferase Reporter Gene Assay Kit

KTA8010-100T Abbkine 100 T 149 EUR

Dual Luciferase Reporter Gene Assay Kit

KTA8010-each Abbkine each Ask for price

Reposal

T26061-10mg TargetMol Chemicals 10mg Ask for price

Reposal

T26061-1g TargetMol Chemicals 1g Ask for price

Reposal

T26061-1mg TargetMol Chemicals 1mg Ask for price

Reposal

T26061-50mg TargetMol Chemicals 50mg Ask for price

Reposal

T26061-5mg TargetMol Chemicals 5mg Ask for price

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12518-1plate AAT Bioquest 1 plate 166 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12519-10plates AAT Bioquest 10 plates 446 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12520-100plates AAT Bioquest 100 plates 3321 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12530-1plate AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12531-10Plates AAT Bioquest 10 Plates 846 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12532-100plates AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12535-1plate AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12536-10plates AAT Bioquest 10 plates 1070 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12537-100plates AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Maximized Luminescence*

12519 AAT Bioquest 10 plates 455 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Maximized Luminescence*

12536 AAT Bioquest 10 plates 1092 EUR

Rep15 (GFP-tagged) - Mouse RIKEN cDNA 2210417D09 gene (2210417D09Rik)

MG202769 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

TRK Fused Gene (TRK fused gene) Antibody

abx239001-100ug Abbexa 100 ug 610.8 EUR

Reporter cell line generation

S302 101Bio - 15000 EUR

Grcc10 (untagged) - Rat gene rich cluster, C10 gene (Grcc10)

RN215862 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

TRK fused gene

E8ET1612-52 EnoGene 100ul 275 EUR

iPSC gene editing

S403 101Bio - 15000 EUR

Grcc10 (GFP-tagged) - Mouse gene rich cluster, C10 gene (Grcc10)

MG200659 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Grcc10 (untagged) - Mouse gene rich cluster, C10 gene (Grcc10), (10ug)

MC200388 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Grcc10 (myc-DDK-tagged) - Rat gene rich cluster, C10 gene (Grcc10)

RR215862 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Gene-Packman Coprecipitant

12680-30 NACALAI TESQUE 1KIT 84 EUR

T4 Gene 32 Protein

E040 ABM 100 μg 50 EUR

T4 Gene 32 Protein

M1232-100 Biovision each 280.8 EUR

Grcc10 (Myc-DDK-tagged) - Mouse gene rich cluster, C10 gene (Grcc10)

MR200659 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Gene Snipper? Cas9 NLS

M1095-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 NLS

M1095-50 Biovision each 301.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null

M1100-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null

M1100-50 Biovision each 307.2 EUR

TRK fused gene Antibody

49164 SAB 100ul 499 EUR

TRK fused gene Antibody

49164-100ul SAB 100ul 399.6 EUR

TRK fused gene Antibody

49164-50ul SAB 50ul 286.8 EUR

Gene Snipper? SaCas9 NLS

M1281-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 NLS

M1281-50 Biovision each 307.2 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 Protein

20-abx262882 Abbexa
  • Ask for price
  • Ask for price
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  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

Tumor Susceptibility Gene 101 Protein

abx262882-10mg Abbexa 10 mg 325 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 Protein

abx262882-25mg Abbexa 25 mg 6575 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 Protein

abx262882-5mg Abbexa 5 mg 225 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null

M1282-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null

M1282-50 Biovision each 307.2 EUR

Gm9897 (untagged) - Mouse predicted gene 9897 (Gm9897), nuclear gene encoding mitochondrial protein, (10ug)

MC212505 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Trk-Fused Gene Antibody

20-abx116293 Abbexa
  • Ask for price
  • Ask for price
  • 150 ul
  • 50 ul

Gene Snipper? Cas9 Protein

M1094-250 Biovision each 555.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Protein

M1094-50 Biovision each 307.2 EUR

Trk-Fused Gene Antibody

abx116293-1mg Abbexa 1 mg 612.5 EUR

AI M1 gene PCR kit

PCR-V603-48R Bioingentech 50T 987.6 EUR

AI M1 gene PCR kit

PCR-V603-96R Bioingentech 100T 1335.6 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Protein

M1280-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Protein

M1280-50 Biovision each 307.2 EUR

Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody

20-abx302434 Abbexa
  • Ask for price
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  • Ask for price
  • Ask for price
  • Ask for price
  • 100 ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 20 ug
  • 50 ug

Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody

abx302434-100g Abbexa 100 µg 362.5 EUR

Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody

abx302434-20g Abbexa 20 µg 162.5 EUR

Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody

abx302434-50g Abbexa 50 µg 250 EUR

Human Trinucleotide repeat- containing gene 18 protein, TNRC18 E

ELI-45505h Lifescience Market 96 Tests 988.8 EUR

Mouse Trinucleotide repeat- containing gene 18 protein, Tnrc18 E

ELI-28256m Lifescience Market 96 Tests 1038 EUR

Recombinant human Trinucleotide repeat-containing gene 6B protein

P2832 FN Test 100ug Ask for price

Gm9897 (Myc-DDK-tagged) - Mouse predicted gene 9897 (Gm9897), nuclear gene encoding mitochondrial protein

MR219778 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Gm9897 (GFP-tagged) - Mouse predicted gene 9897 (Gm9897) nuclear gene encoding mitochondrial protein, (10ug)

MG219778 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Calcitonin Gene Related Peptide

20-abx265660 Abbexa
  • Ask for price
  • Ask for price
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  • 0.5 mg
  • 1 mg
  • 2.5 mg

Calcitonin Gene Related Peptide

20-abx265706 Abbexa
  • Ask for price
  • Ask for price
  • Ask for price
  • 0.5 mg
  • 1 mg
  • 2.5 mg

Parkin coregulated gene protein

AP86945 SAB 1mg 2640 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide

abx265660-200tests Abbexa 200 tests 500 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide

abx265660-500tests Abbexa 500 tests 800 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide

abx265706-200tests Abbexa 200 tests 462.5 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide

abx265706-500tests Abbexa 500 tests 750 EUR

Gene-PAGE (6%), 7M Urea

10550012-1 Glycomatrix 500 mL 45.48 EUR

Gene-PAGE (6%), 7M Urea

10550012-2 Glycomatrix 2 L 173.72 EUR

Gene-PAGE (8%), 7M Urea

10550016-1 Glycomatrix 500 mL 48.95 EUR

Gene-PAGE (8%), 7M Urea

10550016-2 Glycomatrix 2 L 173.72 EUR

Rat  Paired Box Gene 5

E01A16079 BlueGene 96T 700 EUR

1110001J03Rik (untagged) - Mouse RIKEN cDNA 1110001J03 gene (1110001J03Rik), nuclear gene encoding mitochondrial protein, (10ug)

MC204914 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Goat  Paired Box Gene 5

E01A50982 BlueGene 96T 700 EUR

Calcitonin gene-related peptide

AP81063 SAB 1mg 2640 EUR

Calcitonin gene-related peptide

AP81435 SAB 1mg 2640 EUR

Mouse  Paired Box Gene 5

E01A24826 BlueGene 96T 700 EUR

Sheep  Paired Box Gene 5

E01A103276 BlueGene 96T 700 EUR

TRK fused gene Rabbit mAb

59132 SAB 100ul 339 EUR

Rabbit  Paired Box Gene 5

E01A33548 BlueGene 96T 700 EUR

Canine  Paired Box Gene 5

E01A68411 BlueGene 96T 700 EUR

Bovine  Paired Box Gene 5

E01A85849 BlueGene 96T 700 EUR

Monkey  Paired Box Gene 5

E01A77129 BlueGene 96T 700 EUR

TRK fused gene Rabbit pAb

E2381449 EnoGene 100ul 225 EUR

ABI gene family member 3

AP79013 SAB 1mg 2640 EUR

ABI gene family member 3

AP80167 SAB 1mg 2640 EUR

Gene Snipper? Cas9 GFP NLS

M1284-50 Biovision each 307.2 EUR

Gene Assembly Kit, 10 RXNS

TBS4032-10 Tribioscience 10 RXNS 149 EUR

Gene Assembly Kit, 50 RXNS

TBS4032-50 Tribioscience 50 RXNS 639 EUR

VZV (early gene 62) antibody

10-V20C Fitzgerald 100 ug 430 EUR

Porcine  Paired Box Gene 5

E01A59700 BlueGene 96T 700 EUR

Chicken  Paired Box Gene 5

E01A94562 BlueGene 96T 700 EUR

Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS

M1097-250 Biovision each 555.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS

M1097-50 Biovision each 307.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null NLS

M1103-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null NLS

M1103-50 Biovision each 307.2 EUR

Retinoblastoma Gene Protein Antibody

GWB-352298 GenWay Biotech 0.1 ml Ask for price

Retinoblastoma Gene Protein Antibody

GWB-D0B820 GenWay Biotech 1 ml Ask for price

Estrogen Induced Gene 121 (KIAA1324) Antibody

abx211576-100l Abbexa 100 µl 350 EUR

Estrogen Induced Gene 121 (KIAA1324) Antibody

abx211576-50l Abbexa 50 µl 250 EUR

Estrogen Induced Gene 121 (KIAA1324) Antibody

abx212907-100l Abbexa 100 µl 350 EUR

Estrogen Induced Gene 121 (KIAA1324) Antibody

abx212907-50l Abbexa 50 µl 250 EUR

prepro-Myomodulin Gene 2 (84-112) (Aplysia)

059-32 PHOENIX PEPTIDE 100 μg 255.96 EUR

prepro-Myomodulin Gene 2 (131-168) (Aplysia)

059-33 PHOENIX PEPTIDE 100 μg 355.32 EUR

prepro-Myomodulin Gene 2 (171-199) (Aplysia)

059-34 PHOENIX PEPTIDE 100 μg 282.96 EUR

Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS

M1099-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS

M1099-50 Biovision each 307.2 EUR

Estrogen-induced gene 121 protein Antibody

DF14356 Affbiotech 100ul 420 EUR

Estrogen-induced gene 121 protein Antibody

DF14356-100ul Affinity Biosciences 100ul 280 EUR

Estrogen-induced gene 121 protein Antibody

DF14356-200ul Affinity Biosciences 200ul 350 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-100R Bioingentech 100T 1573.2 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-150R Bioingentech 150T 2144.4 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-50R Bioingentech 50T 1155.6 EUR

Stackebrandt und Ebers fanden heraus, dass Stämme derselben Art fast immer mehr als 99 % der 16S-rRNA-Genidentität in voller Länge gemeinsam haben, während verschiedene Arten identische 16S-Gensequenzen teilen können (Stackebrandt und Ebers, 2006). ). Die kurzen 16S-Genfragmente, die üblicherweise in der Umwelt-Amplikon-Analyse verwendet werden, haben ein noch geringeres Auflösungsvermögen. Im Gegensatz dazu beträgt der Cutoff des entsprechenden gesamten Orthologs der durchschnittlichen Aminosäureidentität (AAI; siehe Liste der Abkürzungen, Tabelle 1) für eine Art etwa 5 % Unterschied (Konstantinidis und Tiedje, 2005).