• Mai 16, 2022

Genexpressions-Omnibus –

FunGene: die funktionale Genpipeline und das Repository.

Ribosomale RNA-Gene sind aus guten Gründen zu den molekularen Standardmarkern für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften geworden, darunter das universelle Vorkommen in zellulären Organismen, die Verfügbarkeit großer Datenbanken und die einfache Amplifikation und Analyse der rRNA-Genregion. Als Marker haben rRNA-Gene jedoch einige signifikante Einschränkungen. Die rRNA-Gene sind im Gegensatz zu den meisten proteinkodierenden Genen oft in mehreren Kopien vorhanden.

Die langsame Änderungsrate der rRNA-Gene bedeutet, dass mehrere Arten manchmal identische 16S-rRNA-Gensequenzen aufweisen, während viel mehr Arten identische Sequenzen in den üblicherweise analysierten kurzen 16S-rRNA-Regionen aufweisen.

Darüber hinaus sind die an vielen wichtigen Prozessen beteiligten Gene nicht phylogenetisch kohärent verteilt, möglicherweise aufgrund von Genverlust oder horizontalem Gentransfer. Während rRNA-Gene die am häufigsten verwendeten Marker bleiben, können Schlüsselgene in ökologisch wichtigen Signalwegen, z. B. diejenigen, die am Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf beteiligt sind, wichtige Einblicke in die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften liefern, die durch rRNA-Analyse nicht erhältlich sind.

Die Arbeit mit ökofunktionellen Gendaten erfordert jedoch einige Werkzeuge, die über die für die rRNA-Analyse erforderlichen hinausgehen. Um dies anzugehen, bietet unsere Functional Gene Pipeline and Repository (FunGene; http://fungene.cme.msu.edu/) Datenbanken mit vielen gängigen ökofunktionalen Genen und Proteinen sowie integrierte Tools, mit denen Forscher diese Sammlungen durchsuchen und auswählen können Untergruppen für weitere Analysen erstellen, phylogenetische Bäume erstellen, Primer und Sonden auf Abdeckung testen und ausgerichtete Sequenzen herunterladen.

Weitere FunGene-Tools sind darauf spezialisiert, kodierende Gen-Amplikon-Daten zu verarbeiten.

Beispielsweise erzeugt FrameBot Frameshift-korrigierte Protein- und DNA-Sequenzen aus Raw-Reads und findet gleichzeitig die am engsten verwandte Protein-Referenzsequenz. Diese Tools können dazu beitragen, einen besseren Einblick in mikrobielle Gemeinschaften zu gewähren, indem Schlüsselgene, die an wichtigen ökologischen Prozessen beteiligt sind, direkt untersucht werden.

Einführung
Mikroben sind ein wichtiger Bestandteil der Biosphäre der Erde. Sie beeinflussen die Ökosysteme der Erde durch eine Vielzahl von Aktivitäten und bilden eine wichtige Kraft bei der Gestaltung sowohl abiotischer als auch biotischer Umgebungen. Die Untersuchung der Prävalenz und Diversität der an diesen wichtigen ökologischen Prozessen beteiligten Gene – ökofunktionelle Gene – kann uns helfen, die Beziehungen zwischen mikrobiellen Populationen und ihrer Umgebung zu definieren.

Die Amplikon-basierte Analyse von 16S-rRNA-Genfragmenten hat sich als sehr nützlich erwiesen, um ein Gesamtbild der taxonomischen Vielfalt zu liefern, und wurde in einer Vielzahl von Umgebungen verwendet (siehe z. B. Gilbert und Meyer, 2012). Ein Großteil des mikrobiellen Geninhalts, einschließlich der Wege für wichtige Umweltaktivitäten, war jedoch Gegenstand mehrerer horizontaler Gentransfers (siehe z. B. Dagan et al., 2008). Die direkte Abfrage spezifischer funktioneller Gene in Umweltproben durch qPCR- und Amplikon-Erhebungen kann Informationen über die Prävalenz und Diversität wichtiger funktioneller Gene liefern, unabhängig von der Diskontinuität zwischen Organismus und Gen-Phylogenie.

Im Gegensatz dazu können diejenigen Kernprotein-kodierenden Gene, die weniger Gegenstand eines horizontalen Transfers sind und deren Gen-Phylogenie mit der Organismen-Taxonomie kongruent ist, als wichtige phylogenetische Marker dienen.

Diese sind oft in der Lage, feinere Unterschiede aufzulösen als die üblicherweise verwendeten rRNA-Genmarker. Unser Konzept einer mikrobiellen Spezies befindet sich noch in der Entwicklung und ist Gegenstand von Diskussionen, aber die am häufigsten akzeptierte Ad-hoc-Grenze einer mikrobiellen Spezies war eine 70%ige DNA-DNA-Reassoziation (Stackebrandt et al., 2002).

 

Random Hexamers 100 µg

26-4000-03 Gene Link 100 ug 150 EUR

AGS8830-8 PCR instrument

AGS8830 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

RNA/DNA Purification Kit (Magnetic Bead)

DA0623 Daan Gene 32 test/kit Ask for price

Specimen Preservation Reagent

DA0970 Daan Gene 100 test/kit Ask for price

PCR detection kit for Monkeypox Virus

DA1430 Daan Gene 24 test/kit 129.6 EUR

Nucleic Acid Instrument

Smart-32 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

Nucleic Acid Instrument

Swift-96 Daan Gene 1 unit/set Ask for price

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030001 Biochain 200 assays 329 EUR

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030002 Biochain 500 assays 636 EUR

Luciferase Reporter Gene Assay Kit

Z5030003 Biochain 1,000 assays 1118 EUR

SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit

SLLU-01K BioAssay Systems 1000 459 EUR

SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit

SLLU-200 BioAssay Systems 200 169 EUR

SuperLight™ Luciferase Reporter Gene Assay Kit

SLLU-500 BioAssay Systems 500 299 EUR

SuperLight™ Dual Luciferase Reporter Gene Assay Kit

SLDL-100 BioAssay Systems 100 189 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12518 AAT Bioquest 1 plate 166 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12519 AAT Bioquest 10 plates 446 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12520 AAT Bioquest 100 plates 3321 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12518-1plate AAT Bioquest 1 plate 166 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12519-10plates AAT Bioquest 10 plates 446 EUR

Amplite® Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12520-100plates AAT Bioquest 100 plates 3321 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12530 AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12531 AAT Bioquest 10 Plates 846 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12532 AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12535 AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12536 AAT Bioquest 10 plates 1070 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12537 AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12530-1plate AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12531-10Plates AAT Bioquest 10 Plates 846 EUR

Amplite® Gaussia Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12532-100plates AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12535-1plate AAT Bioquest 1 plate 222 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12536-10plates AAT Bioquest 10 plates 1070 EUR

Amplite® Renilla Luciferase Reporter Gene Assay Kit *Bright Glow*

12537-100plates AAT Bioquest 100 plates 4447 EUR

TRK Fused Gene (TRK fused gene) Antibody

abx239001-100ug Abbexa 100 ug 610.8 EUR

T4 Gene 32 Protein

M1232-100 Biovision each 280.8 EUR

Gene Snipper? Cas9 NLS

M1095-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 NLS

M1095-50 Biovision each 301.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null

M1100-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null

M1100-50 Biovision each 307.2 EUR

TRK fused gene Antibody

49164-100ul SAB 100ul 399.6 EUR

TRK fused gene Antibody

49164-50ul SAB 50ul 286.8 EUR

Gene Snipper? SaCas9 NLS

M1281-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 NLS

M1281-50 Biovision each 307.2 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null

M1282-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null

M1282-50 Biovision each 307.2 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 Protein

20-abx262882 Abbexa
  • 393.60 EUR
  • 7676.40 EUR
  • 276.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

Trk-Fused Gene Antibody

20-abx116293 Abbexa
  • 878.40 EUR
  • 477.60 EUR
  • 150 ul
  • 50 ul

Gene Snipper? Cas9 Protein

M1094-250 Biovision each 555.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Protein

M1094-50 Biovision each 307.2 EUR

AI M1 gene PCR kit

PCR-V603-48R Bioingentech 50T 987.6 EUR

AI M1 gene PCR kit

PCR-V603-96R Bioingentech 100T 1335.6 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Protein

M1280-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Protein

M1280-50 Biovision each 307.2 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide

20-abx265660 Abbexa
  • 460.80 EUR
  • 627.60 EUR
  • 961.20 EUR
  • 0.5 mg
  • 1 mg
  • 2.5 mg

Calcitonin Gene Related Peptide

20-abx265706 Abbexa
  • 444.00 EUR
  • 594.00 EUR
  • 910.80 EUR
  • 0.5 mg
  • 1 mg
  • 2.5 mg

Gene Snipper? Cas9 GFP NLS

M1284-50 Biovision each 307.2 EUR

VZV (early gene 62) antibody

10-V20C Fitzgerald 100 ug 531.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS

M1097-250 Biovision each 555.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS

M1097-50 Biovision each 307.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null NLS

M1103-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Null NLS

M1103-50 Biovision each 307.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS

M1099-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS

M1099-50 Biovision each 307.2 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-100R Bioingentech 100T 1573.2 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-150R Bioingentech 150T 2144.4 EUR

AI M1 gene RT PCR kit

RTq-V603-50R Bioingentech 50T 1155.6 EUR

anti- TRK fused gene antibody

FNab09001 FN Test 100µg 658.5 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null NLS

M1283-250 Biovision each 582 EUR

Gene Snipper? SaCas9 Null NLS

M1283-50 Biovision each 307.2 EUR

Estrogen-induced gene 121 protein Antibody

DF14356 Affbiotech 100ul 420 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

abx239040-100ug Abbexa 100 ug 610.8 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx219155 Abbexa
  • 510.00 EUR
  • 410.40 EUR
  • 100 ug
  • 50 ug

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx174992 Abbexa
  • 1028.40 EUR
  • 526.80 EUR
  • 1 mg
  • 200 ug

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx178777 Abbexa
  • 1446.00 EUR
  • 693.60 EUR
  • 1 mg
  • 200 ug

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx116380 Abbexa
  • 878.40 EUR
  • 477.60 EUR
  • 150 ul
  • 50 ul

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

abx037516-100ug Abbexa 100 ug 469.2 EUR

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx126743 Abbexa
  • 493.20 EUR
  • 710.40 EUR
  • 218.40 EUR
  • 376.80 EUR
  • 100 ul
  • 200 ul
  • 20 ul
  • 50 ul

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx330094 Abbexa
  • 376.80 EUR
  • 292.80 EUR
  • 100 ug
  • 50 ug

Tumor Susceptibility Gene 101 (TSG101) Antibody

20-abx001823 Abbexa
  • 493.20 EUR
  • 710.40 EUR
  • 218.40 EUR
  • 376.80 EUR
  • 100 ul
  • 200 ul
  • 20 ul
  • 50 ul

Anti-TRK Fused gene Antibody

A02870 BosterBio 100 ug 476.4 EUR

Anti-TRK fused gene antibody

PAab09001 Lifescience Market 100 ug 463.2 EUR

Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A)

M1096-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A)

M1096-50 Biovision each 307.2 EUR

QuantiSir General Gene Knockdown Quantification Kit

P-5001 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 376.20 EUR
  • 625.90 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101

7-06748 CHI Scientific 2µg Ask for price

Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101

7-06749 CHI Scientific $90/10µg Ask for price

Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101

7-06750 CHI Scientific $3,640/1mg Ask for price

Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A)

M1098-250 Biovision each 561.6 EUR

Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A)

M1098-50 Biovision each 307.2 EUR

Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6C Protein (TNRC6C) Antibody

20-abx302434 Abbexa
  • 493.20 EUR
  • 2214.00 EUR
  • 718.80 EUR
  • 218.40 EUR
  • 360.00 EUR
  • 100 ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 20 ug
  • 50 ug

Rat B7-H3 gene ELISA kit

E02B0004-192T BlueGene 192 tests 1524 EUR

Rat B7-H3 gene ELISA kit

E02B0004-48 BlueGene 1 plate of 48 wells 624 EUR

Rat B7-H3 gene ELISA kit

E02B0004-96 BlueGene 1 plate of 96 wells 822 EUR

Pig B7-H3 gene ELISA kit

E07B0004-192T BlueGene 192 tests 1524 EUR

Pig B7-H3 gene ELISA kit

E07B0004-48 BlueGene 1 plate of 48 wells 624 EUR

Pig B7-H3 gene ELISA kit

E07B0004-96 BlueGene 1 plate of 96 wells 822 EUR

Dog B7-H3 gene ELISA kit

E08B0004-192T BlueGene 192 tests 1524 EUR

Dog B7-H3 gene ELISA kit

E08B0004-48 BlueGene 1 plate of 48 wells 624 EUR

Dog B7-H3 gene ELISA kit

E08B0004-96 BlueGene 1 plate of 96 wells 822 EUR

Calcitonin Gene Related Peptide II

20-abx265668 Abbexa
  • 444.00 EUR
  • 594.00 EUR
  • 910.80 EUR
  • 0.5 mg
  • 1 mg
  • 2.5 mg

TRK fused gene Conjugated Antibody

C49164 SAB 100ul 476.4 EUR

Stackebrandt und Ebers fanden heraus, dass Stämme derselben Art fast immer mehr als 99 % der 16S-rRNA-Genidentität in voller Länge gemeinsam haben, während verschiedene Arten identische 16S-Gensequenzen teilen können (Stackebrandt und Ebers, 2006). ). Die kurzen 16S-Genfragmente, die üblicherweise in der Umwelt-Amplikon-Analyse verwendet werden, haben ein noch geringeres Auflösungsvermögen. Im Gegensatz dazu beträgt der Cutoff des entsprechenden gesamten Orthologs der durchschnittlichen Aminosäureidentität (AAI; siehe Liste der Abkürzungen, Tabelle 1) für eine Art etwa 5 % Unterschied (Konstantinidis und Tiedje, 2005).