Genexpressions-Omnibus –
FunGene: die funktionale Genpipeline und das Repository.
Ribosomale RNA-Gene sind aus guten Gründen zu den molekularen Standardmarkern für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften geworden, darunter das universelle Vorkommen in zellulären Organismen, die Verfügbarkeit großer Datenbanken und die einfache Amplifikation und Analyse der rRNA-Genregion. Als Marker haben rRNA-Gene jedoch einige signifikante Einschränkungen. Die rRNA-Gene sind im Gegensatz zu den meisten proteinkodierenden Genen oft in mehreren Kopien vorhanden.
Die langsame Änderungsrate der rRNA-Gene bedeutet, dass mehrere Arten manchmal identische 16S-rRNA-Gensequenzen aufweisen, während viel mehr Arten identische Sequenzen in den üblicherweise analysierten kurzen 16S-rRNA-Regionen aufweisen.
Darüber hinaus sind die an vielen wichtigen Prozessen beteiligten Gene nicht phylogenetisch kohärent verteilt, möglicherweise aufgrund von Genverlust oder horizontalem Gentransfer. Während rRNA-Gene die am häufigsten verwendeten Marker bleiben, können Schlüsselgene in ökologisch wichtigen Signalwegen, z. B. diejenigen, die am Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf beteiligt sind, wichtige Einblicke in die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften liefern, die durch rRNA-Analyse nicht erhältlich sind.
Die Arbeit mit ökofunktionellen Gendaten erfordert jedoch einige Werkzeuge, die über die für die rRNA-Analyse erforderlichen hinausgehen. Um dies anzugehen, bietet unsere Functional Gene Pipeline and Repository (FunGene; http://fungene.cme.msu.edu/) Datenbanken mit vielen gängigen ökofunktionalen Genen und Proteinen sowie integrierte Tools, mit denen Forscher diese Sammlungen durchsuchen und auswählen können Untergruppen für weitere Analysen erstellen, phylogenetische Bäume erstellen, Primer und Sonden auf Abdeckung testen und ausgerichtete Sequenzen herunterladen.
Weitere FunGene-Tools sind darauf spezialisiert, kodierende Gen-Amplikon-Daten zu verarbeiten.
Beispielsweise erzeugt FrameBot Frameshift-korrigierte Protein- und DNA-Sequenzen aus Raw-Reads und findet gleichzeitig die am engsten verwandte Protein-Referenzsequenz. Diese Tools können dazu beitragen, einen besseren Einblick in mikrobielle Gemeinschaften zu gewähren, indem Schlüsselgene, die an wichtigen ökologischen Prozessen beteiligt sind, direkt untersucht werden.
Einführung
Mikroben sind ein wichtiger Bestandteil der Biosphäre der Erde. Sie beeinflussen die Ökosysteme der Erde durch eine Vielzahl von Aktivitäten und bilden eine wichtige Kraft bei der Gestaltung sowohl abiotischer als auch biotischer Umgebungen. Die Untersuchung der Prävalenz und Diversität der an diesen wichtigen ökologischen Prozessen beteiligten Gene – ökofunktionelle Gene – kann uns helfen, die Beziehungen zwischen mikrobiellen Populationen und ihrer Umgebung zu definieren.
Die Amplikon-basierte Analyse von 16S-rRNA-Genfragmenten hat sich als sehr nützlich erwiesen, um ein Gesamtbild der taxonomischen Vielfalt zu liefern, und wurde in einer Vielzahl von Umgebungen verwendet (siehe z. B. Gilbert und Meyer, 2012). Ein Großteil des mikrobiellen Geninhalts, einschließlich der Wege für wichtige Umweltaktivitäten, war jedoch Gegenstand mehrerer horizontaler Gentransfers (siehe z. B. Dagan et al., 2008). Die direkte Abfrage spezifischer funktioneller Gene in Umweltproben durch qPCR- und Amplikon-Erhebungen kann Informationen über die Prävalenz und Diversität wichtiger funktioneller Gene liefern, unabhängig von der Diskontinuität zwischen Organismus und Gen-Phylogenie.
Im Gegensatz dazu können diejenigen Kernprotein-kodierenden Gene, die weniger Gegenstand eines horizontalen Transfers sind und deren Gen-Phylogenie mit der Organismen-Taxonomie kongruent ist, als wichtige phylogenetische Marker dienen.
Diese sind oft in der Lage, feinere Unterschiede aufzulösen als die üblicherweise verwendeten rRNA-Genmarker. Unser Konzept einer mikrobiellen Spezies befindet sich noch in der Entwicklung und ist Gegenstand von Diskussionen, aber die am häufigsten akzeptierte Ad-hoc-Grenze einer mikrobiellen Spezies war eine 70%ige DNA-DNA-Reassoziation (Stackebrandt et al., 2002).
Random Hexamers 100 µg |
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26-4000-03 | Gene Link | 100 ug | 150 EUR |
AGS8830-8 PCR instrument |
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AGS8830 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
RNA/DNA Purification Kit (Magnetic Bead) |
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DA0623 | Daan Gene | 32 test/kit | Ask for price |
Specimen Preservation Reagent |
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DA0970 | Daan Gene | 100 test/kit | Ask for price |
PCR detection kit for Monkeypox Virus |
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DA1430 | Daan Gene | 24 test/kit | 129.6 EUR |
Nucleic Acid Instrument |
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Smart-32 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
Nucleic Acid Instrument |
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Swift-96 | Daan Gene | 1 unit/set | Ask for price |
TRK Fused Gene (TRK fused gene) Antibody |
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abx239001-100ug | Abbexa | 100 ug | 610.8 EUR |
TRK fused gene Antibody |
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49164-100ul | SAB | 100ul | 399.6 EUR |
TRK fused gene Antibody |
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49164-50ul | SAB | 50ul | 286.8 EUR |
Trk-Fused Gene Antibody |
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20-abx116293 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide |
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20-abx265660 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide |
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20-abx265706 | Abbexa |
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Gene Snipper? Cas9 Protein |
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M1094-250 | Biovision | each | 555.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Protein |
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M1094-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 NLS |
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M1095-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 NLS |
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M1095-50 | Biovision | each | 301.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null |
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M1100-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null |
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M1100-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
T4 Gene 32 Protein |
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M1232-100 | Biovision | each | 280.8 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Protein |
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M1280-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Protein |
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M1280-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 NLS |
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M1281-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 NLS |
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M1281-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null |
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M1282-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null |
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M1282-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
VZV (early gene 62) antibody |
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10-V20C | Fitzgerald | 100 ug | 531.6 EUR |
Anti-TRK Fused gene Antibody |
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A02870 | BosterBio | 100 ug | 476.4 EUR |
Calcitonin Gene Related Peptide, chicken |
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5-00911 | CHI Scientific | 0.4 x 5mg | Ask for price |
Calcitonin Gene Related Peptide, rat |
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5-00912 | CHI Scientific | 0.4 x 5mg | Ask for price |
Interferon stimulated gene 15 Antibody |
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20-abx137398 | Abbexa |
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Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Antibody |
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20-abx130360 | Abbexa |
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Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Antibody |
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20-abx130794 | Abbexa |
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Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Antibody |
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20-abx129784 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide II |
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20-abx265668 | Abbexa |
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MCH-Gene-Overprinted-Polypeptide-14 |
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20-abx265672 | Abbexa |
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Interferon Stimulated Gene 15 Protein |
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20-abx260457 | Abbexa |
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Chondrosarcoma Associated Gene 1 Protein |
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20-abx261961 | Abbexa |
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Tumor Susceptibility Gene 101 Protein |
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20-abx262882 | Abbexa |
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Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Antibody |
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abx235801-100ug | Abbexa | 100 ug | 577.2 EUR |
Lymphocyte Activation Gene 3 Antibody |
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DF13960 | Affbiotech | 100ul | 420 EUR |
Lymphocyte Activation Gene 3 Antibody |
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DF14459 | Affbiotech | 100ul | 420 EUR |
TRK fused gene Conjugated Antibody |
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C49164 | SAB | 100ul | 476.4 EUR |
Anti-TRK fused gene antibody |
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PAab09001 | Lifescience Market | 100 ug | 463.2 EUR |
Human Homeobox Gene Primer Library |
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HHOX-I | Real Time Primers | 1 set | 774 EUR |
Human Retinoblastoma Gene Primer Library |
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HRBG-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
anti- TRK fused gene antibody |
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FNab09001 | FN Test | 100µg | 658.5 EUR |
AI M1 gene PCR kit |
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PCR-V603-48R | Bioingentech | 50T | 987.6 EUR |
AI M1 gene PCR kit |
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PCR-V603-96R | Bioingentech | 100T | 1335.6 EUR |
Recombinant Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) |
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4-RPG309Hu01 | Cloud-Clone |
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Recombinant Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) |
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4-RPG309Mu01 | Cloud-Clone |
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Recombinant Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) |
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4-RPG309Ra01 | Cloud-Clone |
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anti-Lymphocyte Activation Gene 3 |
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YF-PA12911 | Abfrontier | 100 ug | 483.6 EUR |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030001 | Biochain | 200 assays | 429.6 EUR |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030002 | Biochain | 500 assays | 776.4 EUR |
Luciferase Reporter Gene Assay Kit |
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Z5030003 | Biochain | 1,000 assays | 1320 EUR |
anti-Ocular development associated gene |
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YF-PA26505 | Abfrontier | 50 ul | 400.8 EUR |
Patched tumor suppressor gene (PTCH) |
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RA19021 | Neuromics | 100 ug | 412.8 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A) |
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M1096-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (D10A) |
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M1096-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS |
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M1097-250 | Biovision | each | 555.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (D10A) NLS |
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M1097-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A) |
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M1098-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Nickase (H840A) |
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M1098-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS |
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M1099-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 (H840A) NLS |
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M1099-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null NLS |
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M1103-250 | Biovision | each | 561.6 EUR |
Gene Snipper? Cas9 Null NLS |
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M1103-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null NLS |
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M1283-250 | Biovision | each | 582 EUR |
Gene Snipper? SaCas9 Null NLS |
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M1283-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Gene Snipper? Cas9 GFP NLS |
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M1284-50 | Biovision | each | 307.2 EUR |
Recombinant Human Prostate Specific Gene-1 |
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7-05380 | CHI Scientific | 5µg | Ask for price |
Recombinant Human Prostate Specific Gene-1 |
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7-05381 | CHI Scientific | 10µg | Ask for price |
Recombinant Human Prostate Specific Gene-1 |
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7-05382 | CHI Scientific | 1mg | Ask for price |
Recombinant Human Interferon Stimulated Gene 15 |
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7-05419 | CHI Scientific | 10µg | Ask for price |
Recombinant Human Interferon Stimulated Gene 15 |
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7-05420 | CHI Scientific | 50µg | Ask for price |
Recombinant Human Interferon Stimulated Gene 15 |
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7-05421 | CHI Scientific | 1mg | Ask for price |
Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06748 | CHI Scientific | 2µg | Ask for price |
Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06749 | CHI Scientific | $90/10µg | Ask for price |
Recombinant Human Tumor Susceptibility Gene 101 |
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7-06750 | CHI Scientific | $3,640/1mg | Ask for price |
Calcitonin Gene Related Peptide II, human |
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5-00909 | CHI Scientific | 0.4 x 5mg | Ask for price |
Calcitonin Gene Related Peptide II, rat |
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5-00910 | CHI Scientific | 0.4 x 5mg | Ask for price |
MCH-Gene-Overprinted-Polypeptide-14 (rat) |
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5-01526 | CHI Scientific | 4 x 5mg | Ask for price |
MCH-Gene-Overprinted-Polypeptide-27 (rat) |
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5-01527 | CHI Scientific | 4 x 1mg | Ask for price |
Interferon-stimulated Gene 15 Recombinant Protein |
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92-169 | ProSci | 0.05 mg | 437.1 EUR |
Rat Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Protein |
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20-abx167777 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide (CGRP) Antibody |
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20-abx171511 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide (CGRP) Antibody |
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20-abx171512 | Abbexa |
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TRK-Fused Gene Protein (TFG) Antibody |
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abx139989-01mg | Abbexa | 0.1 mg | 510 EUR |
TRK-Fused Gene Protein (TFG) Antibody |
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20-abx142013 | Abbexa |
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Mouse Nephroblastoma Overexpressed Gene (NOV) Protein |
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20-abx167274 | Abbexa |
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TRK fused gene recombinant monoclonal antibody |
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A5370 | Bimake | 100ul X 3 | 714 EUR |
Lymphocyte Activation Gene 3 (LAG3) Antibody |
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20-abx102894 | Abbexa |
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Lymphocyte Activation Gene 3 (LAG3) Antibody |
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20-abx102895 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide (CGRP) Antibody |
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20-abx103218 | Abbexa |
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Calcitonin Gene Related Peptide (CGRP) Antibody |
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20-abx103219 | Abbexa |
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Paired Box Gene 9 (PAX9) Antibody |
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abx038339-100ug | Abbexa | 100 ug | 469.2 EUR |
Paired Box Gene 9 (PAX9) Antibody |
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abx038466-100ug | Abbexa | 100 ug | 469.2 EUR |
TRK-Fused Gene Protein (TFG) Antibody |
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20-abx007059 | Abbexa |
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Lymphocyte Activation Gene 3 (LAG3) Antibody |
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20-abx007220 | Abbexa |
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Stackebrandt und Ebers fanden heraus, dass Stämme derselben Art fast immer mehr als 99 % der 16S-rRNA-Genidentität in voller Länge gemeinsam haben, während verschiedene Arten identische 16S-Gensequenzen teilen können (Stackebrandt und Ebers, 2006). ). Die kurzen 16S-Genfragmente, die üblicherweise in der Umwelt-Amplikon-Analyse verwendet werden, haben ein noch geringeres Auflösungsvermögen. Im Gegensatz dazu beträgt der Cutoff des entsprechenden gesamten Orthologs der durchschnittlichen Aminosäureidentität (AAI; siehe Liste der Abkürzungen, Tabelle 1) für eine Art etwa 5 % Unterschied (Konstantinidis und Tiedje, 2005).