Genexpressions-Omnibus –
FunGene: die funktionale Genpipeline und das Repository.
Ribosomale RNA-Gene sind aus guten Gründen zu den molekularen Standardmarkern für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften geworden, darunter das universelle Vorkommen in zellulären Organismen, die Verfügbarkeit großer Datenbanken und die einfache Amplifikation und Analyse der rRNA-Genregion. Als Marker haben rRNA-Gene jedoch einige signifikante Einschränkungen. Die rRNA-Gene sind im Gegensatz zu den meisten proteinkodierenden Genen oft in mehreren Kopien vorhanden.
Die langsame Änderungsrate der rRNA-Gene bedeutet, dass mehrere Arten manchmal identische 16S-rRNA-Gensequenzen aufweisen, während viel mehr Arten identische Sequenzen in den üblicherweise analysierten kurzen 16S-rRNA-Regionen aufweisen.
Darüber hinaus sind die an vielen wichtigen Prozessen beteiligten Gene nicht phylogenetisch kohärent verteilt, möglicherweise aufgrund von Genverlust oder horizontalem Gentransfer. Während rRNA-Gene die am häufigsten verwendeten Marker bleiben, können Schlüsselgene in ökologisch wichtigen Signalwegen, z. B. diejenigen, die am Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf beteiligt sind, wichtige Einblicke in die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften liefern, die durch rRNA-Analyse nicht erhältlich sind.
Die Arbeit mit ökofunktionellen Gendaten erfordert jedoch einige Werkzeuge, die über die für die rRNA-Analyse erforderlichen hinausgehen. Um dies anzugehen, bietet unsere Functional Gene Pipeline and Repository (FunGene; http://fungene.cme.msu.edu/) Datenbanken mit vielen gängigen ökofunktionalen Genen und Proteinen sowie integrierte Tools, mit denen Forscher diese Sammlungen durchsuchen und auswählen können Untergruppen für weitere Analysen erstellen, phylogenetische Bäume erstellen, Primer und Sonden auf Abdeckung testen und ausgerichtete Sequenzen herunterladen.
Weitere FunGene-Tools sind darauf spezialisiert, kodierende Gen-Amplikon-Daten zu verarbeiten.
Beispielsweise erzeugt FrameBot Frameshift-korrigierte Protein- und DNA-Sequenzen aus Raw-Reads und findet gleichzeitig die am engsten verwandte Protein-Referenzsequenz. Diese Tools können dazu beitragen, einen besseren Einblick in mikrobielle Gemeinschaften zu gewähren, indem Schlüsselgene, die an wichtigen ökologischen Prozessen beteiligt sind, direkt untersucht werden.
Einführung
Mikroben sind ein wichtiger Bestandteil der Biosphäre der Erde. Sie beeinflussen die Ökosysteme der Erde durch eine Vielzahl von Aktivitäten und bilden eine wichtige Kraft bei der Gestaltung sowohl abiotischer als auch biotischer Umgebungen. Die Untersuchung der Prävalenz und Diversität der an diesen wichtigen ökologischen Prozessen beteiligten Gene – ökofunktionelle Gene – kann uns helfen, die Beziehungen zwischen mikrobiellen Populationen und ihrer Umgebung zu definieren.
Die Amplikon-basierte Analyse von 16S-rRNA-Genfragmenten hat sich als sehr nützlich erwiesen, um ein Gesamtbild der taxonomischen Vielfalt zu liefern, und wurde in einer Vielzahl von Umgebungen verwendet (siehe z. B. Gilbert und Meyer, 2012). Ein Großteil des mikrobiellen Geninhalts, einschließlich der Wege für wichtige Umweltaktivitäten, war jedoch Gegenstand mehrerer horizontaler Gentransfers (siehe z. B. Dagan et al., 2008). Die direkte Abfrage spezifischer funktioneller Gene in Umweltproben durch qPCR- und Amplikon-Erhebungen kann Informationen über die Prävalenz und Diversität wichtiger funktioneller Gene liefern, unabhängig von der Diskontinuität zwischen Organismus und Gen-Phylogenie.
Im Gegensatz dazu können diejenigen Kernprotein-kodierenden Gene, die weniger Gegenstand eines horizontalen Transfers sind und deren Gen-Phylogenie mit der Organismen-Taxonomie kongruent ist, als wichtige phylogenetische Marker dienen.
Diese sind oft in der Lage, feinere Unterschiede aufzulösen als die üblicherweise verwendeten rRNA-Genmarker. Unser Konzept einer mikrobiellen Spezies befindet sich noch in der Entwicklung und ist Gegenstand von Diskussionen, aber die am häufigsten akzeptierte Ad-hoc-Grenze einer mikrobiellen Spezies war eine 70%ige DNA-DNA-Reassoziation (Stackebrandt et al., 2002).
Globalmark tapes - B-581 100 mm Repositionable White AF Systems Consumables |
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076697 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 458.91 EUR |
Globalmark tapes - B-581 100 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables |
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076701 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 458.91 EUR |
Globalmark tapes - B-581 57 mm Repositionable White AF Systems Consumables |
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076698 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 305.46 EUR |
Globalmark tapes - B-581 29 mm Repositionable White AF Systems Consumables |
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076699 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 203.11 EUR |
Globalmark tapes - B-581 13 mm Repositionable White AF Systems Consumables |
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076700 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 130.24 EUR |
Globalmark tapes - B-581 57 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables |
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076702 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 305.46 EUR |
Globalmark tapes - B-581 29 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables |
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076703 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 203.11 EUR |
Globalmark tapes - B-581 13 mm Repositionable Yellow AF Systems Consumables |
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076704 | BRADY NV | Box of 1 Roll | 130.24 EUR |
Anti-WD repeat domain 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1845-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-WD repeat domain 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1845-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-WD Repeat Domain 4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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3107-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-WD Repeat Domain 4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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3107-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-X-Ray Repair Cross Complementing 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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2772-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-X-Ray Repair Cross Complementing 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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2772-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-X-Ray Repair Cross Complementing 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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2807-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-X-Ray Repair Cross Complementing 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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2807-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Baculoviral IAP repeat containing 2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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9361-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Baculoviral IAP repeat containing 2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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9361-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-L1 cell adhesion molecule Rabbit Monoclonal Antibody |
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1148-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-L1 cell adhesion molecule Rabbit Monoclonal Antibody |
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1148-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Mannose Receptor (CD206) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1150-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Mannose Receptor (CD206) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1150-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-MAP3K5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1160-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-MAP3K5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1160-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Bak Rabbit Monoclonal Antibody |
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1113-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Bak Rabbit Monoclonal Antibody |
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1113-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-PRPF8 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1134-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-PRPF8 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1134-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CXCR7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1143-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CXCR7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1143-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-IQGAP1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1144-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-IQGAP1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1144-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-SMAC Rabbit Monoclonal Antibody |
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1145-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-SMAC Rabbit Monoclonal Antibody |
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1145-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-High mobility group box 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1114-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-High mobility group box 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1114-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-BCL2 binding component 3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1119-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-BCL2 binding component 3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1119-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-ACVR2B Rabbit Monoclonal Antibody |
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1121-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-ACVR2B Rabbit Monoclonal Antibody |
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1121-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-PSMB10 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1122-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-PSMB10 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1122-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Phospho-RPA2 (T21) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1123-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Phospho-RPA2 (T21) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1123-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-14-3-3 alpha/beta Rabbit Monoclonal Antibody |
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1128-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-14-3-3 alpha/beta Rabbit Monoclonal Antibody |
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1128-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-c-Rel Rabbit Monoclonal Antibody |
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1305-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-c-Rel Rabbit Monoclonal Antibody |
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1305-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Ring finger protein 20 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1306-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Ring finger protein 20 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1306-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Ring finger protein 20 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1307-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Ring finger protein 20 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1307-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-SETD7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1308-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-SETD7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1308-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-SUZ12 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1310-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-SUZ12 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1310-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-WASL Rabbit Monoclonal Antibody |
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1312-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-WASL Rabbit Monoclonal Antibody |
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1312-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-GAPDH Rabbit Monoclonal Antibody |
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1313-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-GAPDH Rabbit Monoclonal Antibody |
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1313-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-RB1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1314-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-RB1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1314-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-PKM2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1315-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-PKM2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1315-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Integrin subunit alpha 4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1316-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Integrin subunit alpha 4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1316-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-SDHA Rabbit Monoclonal Antibody |
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1317-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-SDHA Rabbit Monoclonal Antibody |
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1317-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-MacroH2A.1 Histone Rabbit Monoclonal Antibody |
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1320-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-MacroH2A.1 Histone Rabbit Monoclonal Antibody |
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1320-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Lysine Methyltransferase 5A Rabbit Monoclonal Antibody |
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1322-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Lysine Methyltransferase 5A Rabbit Monoclonal Antibody |
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1322-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-OGT Rabbit Monoclonal Antibody |
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1325-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-OGT Rabbit Monoclonal Antibody |
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1325-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Cathepsin H Rabbit Monoclonal Antibody |
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1330-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Cathepsin H Rabbit Monoclonal Antibody |
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1330-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CPSF3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1335-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CPSF3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1335-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CHM Rabbit Monoclonal Antibody |
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1338-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CHM Rabbit Monoclonal Antibody |
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1338-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-B cell linker Rabbit Monoclonal Antibody |
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1341-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-B cell linker Rabbit Monoclonal Antibody |
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1341-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-COPS8 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1342-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-COPS8 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1342-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CPEB1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1418-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CPEB1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1418-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-DDX6 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1419-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-DDX6 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1419-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-AMHR2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1420-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-AMHR2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1420-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-DDX17 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1422-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-DDX17 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1422-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-COPA Rabbit Monoclonal Antibody |
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1423-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-COPA Rabbit Monoclonal Antibody |
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1423-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CHD1L Rabbit Monoclonal Antibody |
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1424-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CHD1L Rabbit Monoclonal Antibody |
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1424-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-DDAH2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1428-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-DDAH2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1428-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Centromere protein C Rabbit Monoclonal Antibody |
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1430-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Centromere protein C Rabbit Monoclonal Antibody |
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1430-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Activin A receptor type 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1437-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Activin A receptor type 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1437-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CHRNA5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1438-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CHRNA5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1438-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Bradykinin receptor B2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1439-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Bradykinin receptor B2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1439-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Fibroblast growth factor 7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1445-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Fibroblast growth factor 7 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1445-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-ALDH1A2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1447-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-ALDH1A2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1447-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-CYP24A1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1448-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-CYP24A1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1448-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Actinin alpha 3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1451-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Actinin alpha 3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1451-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-DBF4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1455-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-DBF4 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1455-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-EIF3B Rabbit Monoclonal Antibody |
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1458-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-EIF3B Rabbit Monoclonal Antibody |
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1458-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-AGR2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1462-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-AGR2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1462-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-RDC1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1463-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-RDC1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1463-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Ribosomal protein S6 kinase A3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1470-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Ribosomal protein S6 kinase A3 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1470-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Coilin Rabbit Monoclonal Antibody |
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1532-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Coilin Rabbit Monoclonal Antibody |
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1532-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-MCL1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1804-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-MCL1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1804-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-NK2 homeobox 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1809-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-NK2 homeobox 1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1809-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Phospho-PP2A alpha (Y307) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1811-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Phospho-PP2A alpha (Y307) Rabbit Monoclonal Antibody |
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1811-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-PKC delta + PKC theta Rabbit Monoclonal Antibody |
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1812-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-PKC delta + PKC theta Rabbit Monoclonal Antibody |
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1812-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-Protein kinase D1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1813-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-Protein kinase D1 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1813-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-C-X-C motif chemokine receptor 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1816-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-C-X-C motif chemokine receptor 5 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1816-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Anti-RASSF2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1817-100uL | Gene Universal | 100 μL | 329 EUR |
Anti-RASSF2 Rabbit Monoclonal Antibody |
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1817-20uL | Gene Universal | 20 μL | 129 EUR |
Stackebrandt und Ebers fanden heraus, dass Stämme derselben Art fast immer mehr als 99 % der 16S-rRNA-Genidentität in voller Länge gemeinsam haben, während verschiedene Arten identische 16S-Gensequenzen teilen können (Stackebrandt und Ebers, 2006). ). Die kurzen 16S-Genfragmente, die üblicherweise in der Umwelt-Amplikon-Analyse verwendet werden, haben ein noch geringeres Auflösungsvermögen. Im Gegensatz dazu beträgt der Cutoff des entsprechenden gesamten Orthologs der durchschnittlichen Aminosäureidentität (AAI; siehe Liste der Abkürzungen, Tabelle 1) für eine Art etwa 5 % Unterschied (Konstantinidis und Tiedje, 2005).